Im zweiten Prozess des Volksgerichtshofs gegen die Weise Rose, am 19. April 1943, bekamen Franz J. Müller, Hans und Susanne Hirzel sowie Heiner Guter unterschiedlich hohe Gefängnisstrafen. Franz J. Müller wurde zu fünf Jahren Haft verurteilt und am 12. April 1945 von amerikanischen Truppen aus dem Jugendgefängnis in Heilbronn befreit.

„Franz J. Müller hat mit großem persönlichen Einsatz und pädagogischem Geschick dazu beigetragen, die Erinnerung an die Weise Rose wachzuhalten“, betont die jetzige Vorsitzende der Weiße Rose Stiftung Dr. Hildegard Kronawitter. Zusammen mit Inge Aicher-Scholl, Dr. h. c. Anneliese Knoop-Graf, Dr. Marie-Luise Schultze-Jahn und anderen hatte er 1987 die Weiße Rose Stiftung e. V. gegründet, deren Vorsitzender er bis 2004 war. Er führte unzählige Zeitzeugengespräche, reiste zu Eröffnungen der Weiße-Rose-Ausstellungen und trat vor Schulklassen auf. Zusammen mit dem damaligen Rektor der Ludwig-Maximilians-Universität Prof. Dr. Andreas Heldrich realisierte er die DenkStätte Weiße Rose am Lichthof der Universität.

Die Bestattungsfeier ist am Mittwoch, 8. April 2015, 13.30 Uhr in der Aussegnungshalle des Nordfriedhofs in München.